Hz.Muhammed’in, Hz.Ebû Tâlib gibi bir amcadan ve Hz.Hatice gibi bir eşten ayrılmasını fırsat bilen ve onu hiçbir surette yola getiremeyeceklerini anlayan soylu-boylu Mekke’li müşrikler, bu sefer kesin bir karara vardılar.
Her boydan seçilmiş kişiler, geceleyin Hz.Peygamber’in evini basacaklar ve canına kıyacaklardı. Böylece Hâşim oğulları, kan davasına girişemiyecekler ve diyete boyun eğeceklerdi. Mekke’li müşrikler tarafından alınan bu karar, Allah tarafından kendilerine bildirilince, Hz.Peygamber bu işi Hz.Ali’ye anlatıp, Allah’tan gelen buyruk gereğince Mekke’den, Medine’ye Hicret (göç) etmeye karar verdiler. Bu olay Milâdi 622. yılında gerçekleşiyordu. Bu tarih, sonradan Müslümanlar tarafından, Hicri takvimin başlangıcı olarak kabul edildi.
Bu Hicret’ten önce Hz.Peygamber Mekke’de iken, Medine’den hac mevsiminde Mekke’ye gelen, Medineliler ile anlaşmış ve şehirlerine geldikleri takdirde, kendilerine yardım edeceklerine dair onlardan söz almışlardı.
Hz.Muhammed’in, Peygamberliğinin 12. yılında Medine’ye gitmeden bir süre önce Mirâc olayı meydana geldi. Kur’ân-ı Kerîm ve Hadîslerde verilen bilgilere göre, o gece Hz.Muhammed Allah’ın bir mucizesi olarak Mekke’den Kudüs’e götürüldü, oradan göklere yükseldi. Göklerde diğer Peygamberler ile görüştü, cennet ve cehennemi gördü, aynı gece evine döndü ve yatağını sıcacık buldu. Mirâc’ta Hz.Peygamber’e birçok âyetler nâzil oldu.
Mirâc olayı Kur’ân-ı Kerîm’de şöyle anlatılır:
“Kendisine kudretimize ait bazı âyetlerimizi göstermek için, kulunu bir gece vakti Mescid-i Harâm’dan (Mekke’den), etrafına bereket verdiğimiz Mescid-i Aksâ’ya (Kudüs’e) götüren Zat, noksan sıfatlardan münezzehtir. Semî (işiten) O’dur, basîr (gören) O’dur.” (İsrâ 1. âyet)
“(1) Gurup vaktindeki yıldız hakkı için, (2) Sizinki ne yolunu şaşırdı! Ne Hak’tan ayrıldı! (3) O, arzusuna göre söz söylemez, (4) O’nun sözü kendine vahiy olunan bir vahiyden başka bir şey değildir. (5-6-7) Ona pek kuvvetli, pek heybetli biri öğretti de göğün en yüksek bir kenarında olduğu halde doğruldu. (8) Sonra Peygamber’e yaklaşıp aşağı sarktı, (9) Araları iki yay kadar veya daha az kaldı. (10) Allah’ın vahiy ettiğini kuluna vahiy etti. (11) Peygamber’in gördüğünü kalbi yalan çıkarmadı. (12) Hâlâ onun görüp bildiği şeyde ona karşı yaygara mı ediyorsunuz? (13) Peygamber O’nu bir kere daha (14) Sidre-i münteha yanında görmüştü. (15) Sakınanların barındıkları uçmak O’nun yanındadır. (16) Sidre’yi neler kaplamıştı!-Neler. (17) Peygamber’in gözü bir tarafa kaymadı, sağa ve sola dönmedi. (18) O Rabbinin pek büyük nişanlarını görmüştü.” (Necm 1-18. âyetler)
Hz.Muhammed Hicret edeceği zaman, Hz.Ali’yi yanına çağırdı ve “Hicret’e izin verildiğini kendisinin Mekke’de kalması gerektiğini, borçlarını ödemesini, kendisinde bulunan ve sahiplerine verilmesi icap eden emanetleri vermesini, sonra Mekke’de kalanlarla beraber kendisine ulaşmasını” söyledi ve “Bu gece benim hırkama bürüneceksin, benim yatağıma yatacaksın” dedi. Hz.Ali bir an bile tereddüt etmeden, Hz.Peygamber’in sözlerini hemen kabul etti ve gözyaşlarıyla şükür secdesine kapandı. Ümmet içinde ilk defa şükür secdesine kapanan Hz.Ali olmuştur. Bu Hz.Ali’nin kendisini, Hz.Peygamber’e daha doğrusu dîne, topluma, insanlığa ve insanlığın yarınına fedâ etmeseydi. Hz.Ali’nin, Hz.Muhammed’in yatağına yattığı gece; Kur’ân-ı Kerîm’in Bakara Sûresi’nin 207. âyeti nâzil olmuştur:
“İnsanlardan öylesi de vardır ki; Allah rızâsına nâil olmak için varlığını, canını satar da, Allah rızâsını alır; Allah, kullarını pek esirger.” Bu âyet ile Hz.Ali övülmüştür.
Hz.Muhammed, Hicret’in 2. yılında hayatta kalan tek kızı Hz. Fâtıma’yı, Hz.Ali ile evlendirdi. Hz.Resûl, Hz.Fâtıma’yı çok severlerdi ve “Fâtıma, benim bir parçamdır; onu sevindiren beni sevindirir, ona kötülük eden, bana kötülük eder” buyurmuşlardı.
Medine halkı; dinleri, inançları uğruna Mekke’deki evini-barkını, her şeyini bırakıp göç eden “Muhâcirûn” ve bunlara yardımcı olduklarından dolayı “Ansâr” adını alan yerli halk ile Yahudiler’den oluşuyordu. Bunlar arasında birliği sağlamak oldukça güçtü.
Hz.Peygamber bu ortamda Medine’de ilk olarak; Mekke’den göç eden Müslümanlar ile, Medineli Müslümanları kardeş ilan ederek, yerli halkın onlara yardım etmelerini sağladı. Medineliler bu kardeşlik ile birlikte Mekkelileri evlerine yerleştirdiler. Bu arada Hz.Peygamber de, kendisine Hz.Ali’yi kardeş seçti.
Hz.Peygamber Medine’de bütün toplumların bir arada birlikte yaşayabilmesi için, Medine kent devletini kurdu. Hz.Peygamber Medine kent devletini kurduktan sonra, bu toplumların hak ve yükümlülüklerini kapsayan 47 maddelik bir tür anayasa hazırladı.
Hz.Peygamber’in bu dönemdeki bütün amacı, İbrahim Peygamber’in saf dînini diriltmek ve Mekke’deki müşrikler tarafından kirletilen kutsal Kâ’be’yi, putlardan temizleyip eski durumuna getirmekti. Bu dönemde, Medine’deki Müslümanlara eziyet eden kafirlere karşı koymak için, savaşmak ile ilgili izin veren âyetler nâzil oldu ve savaşlar başladı.